Cô trở thành nhà báo thứ tư của tờ Novaya Gazeta bị sát hại kể từ năm 2000. Theo nhà phân tích quân sự Nga Pavel Felgenhauer, thì các chi tiết của vụ giết người này cho thấy có sự tham gia của các cơ quan an ninh nhà nước Nga.[3][21]

Ban đầu có tường thuật là Baburova đã bị thương trong khi tìm cách bắt giữ kẻ giết Markelov, tuy nhiên sau đó các giới chức thi hành luật pháp của Nga tuyên bố rằng Baburova bị bắn vào sau đầu. Baburova chết vài giờ sau khi bị bắn tại bệnh viện Moskva.[22]

Ngày 23.1.2009 Tổng thống Ukraina Viktor Yushchenko đã gửi điện tín chia buồn với cha mẹ cô.[10] Tổng thống Nga Dmitry Medvedev đưa ra lời chia buồn 6 ngày sau.[23][24][25]

Ngày 26.1.2009 Baburova được mai táng ở nghĩa trang trung tâm thành phố quê hương Sevastopol.[9]

Nhiều người rất hoài nghi đối với khả năng của các cơ quan liên bang trong việc điều tra vụ giết người này và tìm ra thủ phạm của những tội ác.[26]Sự đánh giá thấp tính chuyên nghiệp của hệ thống hành pháp Nga trong việc điều tra vụ này đã gây ra cuộc thảo luận rộng rãi trêncác báo, blogs và các trang cá nhân.